Верфь Nautor была основана в 1966 году Пеккой Коскенкюля и вначале строила лишь 36-футовые яхты. Первая из них была названа Swan (Лебедь), что и дало впоследствии название всему бренду. Заказчики быстро обратили внимание на высокое качество яхт, что в дальнейшем стало фирменным знаком Nautor.
Первые лодки финской верфи представляли собой смесь люксового интерьера, корпуса из фибергласа и технических решений, используемых в гоночных яхтах. Модели Nautor's Swan успешно выступали на соревнованиях. Так, Swan 48 выграла Бермудскую гонку 1972 года, а двумя годами позже Swan 65 победила в кругосветке >Whitbread Round the World Race.
В 80-х гг с приходом дизайнера Германа Фрерса в истории компании начался новый этап. Модельный ряд Nautor's Swan пополнился макси-яхтами. В 2001 году компания начала производить монотипы. В августе 2012 года верфь, базрующаяся в Якобстаде, спустила на воду своего двухтысячного «лебедя» — >90S Freya. Сегодня в копилке у Nautor's Swan более 2000 лодок длиной от 36 до 131 футов, а в ее штате работает около 400 человек.